国家层面的国土空间用途管制，重点是依据主体功能区进行。在大尺度上，主体功能区具有空间管制的强制性和约束性。它通过生态红线和环境容量的约束、资源供给调控、开发强度和开发方向的控制，对区域开发的极限、速度、强度和边界等进行强制性规定和管控。从性质上看，主体功能区的用途管制可分成两种类型：一是通过设立限制开发区和禁止开发区，保障国家的生态安全和粮食安全；二是对开发强度已经较高、资源环境承载能力开始减弱的区域，即优化开发区，实行适度的调整开发。对于前者，主要通过划定生态保护红线等限制大规模和高强度的经济开发行为，在自然保护区等禁止经济开发行为，实行强制性保护；对于后者，通过强制实施节能减排和严格的产业准入门槛，严格控制开发强度，严格限制城镇空间无序蔓延和挤占重要的生态空间。总体上来看，4类主体功能区的用途管制特点如下：

1）禁止开发区。主要是依法设立的各类自然保护区。其管制规则是：实行强制性保护，控制人为因素对自然生态的干扰，严禁不符合主体功能行为的开发活动。各地在具体的管制实践中，根据自然保护区性质的不同，进一步区分为核心区、缓冲区和实验区。核心区禁止任何单位和个人进入，严禁任何生产建设活动；缓冲区除必要的科学研究观测活动外，严禁其他任何生产建设活动；实验区可以从事科学试验、教学实习、参观考察、旅游以及驯化、繁殖珍稀和濒危野生动植物等活动。自然保护区核心区内原有居民原则上需要逐步迁出。

2）限制开发区。是指资源环境承载能力不强、集聚经济和区位条件较弱、关系到全国和较大范围内生态安全的区域。其管制规则是：保护优先，适度开发，点状发展，优化调整产业空间结构，因地制宜发展资源环境可承载的特色产业。加强国土综合整治和生态修复，引导超载人口和产业有序转移，逐步成为重要的生态功能区。禁止不符合要求的投资项目和产业发展，确保生态空间和生活空间的良性发展。

3）重点开发区。是指资源环境承载能力较强、经济集聚和区位条件良好、发展潜力和前景较大的区域。其管制规则是：加强基础设施建设，推进土地和基础设施的耦合开发，促进产业集群发展，防止无序和碎片开发，承接禁止开发区、限制开发区和优化开发区的人口及产业转移，着重关注资源的节约集约利用以及生态和环境的建设。GDP年均增长率、单位用地产出年均提高率、固定资产投资年均提高率、工业排放达标率、开发强度等是重点开发区的主要管控指标。

4）优化开发区。是指国土空间开发强度较高、资源环境承载能力接近饱和的区域。其管制规则是：改变粗放式的经济增长模式和国土空间开发利用方式，把高质量生产和高品质生活放在优先地位，提升参与全球分工与竞争的层次。开发强度、万元GDP能耗、万元GDP地耗、万元GDP水耗、R&D经费占GDP比例、江河综合整治率、人均公园绿地面积、工业排放达标率、生活污水处理率等是优化开发区的主要管控指标。

按照新时代发展的要求，为了能够更好地满足国土空间用途管制的需要，在充分继承上述4类主体功能分区的基础上，可将国家主体功能区划分为城镇化发展区、农产品主产区、重点生态功能区和海洋保护区，实行“分区+名录”的优化方案，新4类主体功能区的用途管制特点如下：

1）城镇发展区。其国土空间用途管制的重点是合理划分城镇体系，合理布局中心城市、城市群或城市圈，控制城镇建设无序蔓延，盘活低效建设用地，优化城镇空间结构和形态，保护生态空间、开敞空间和其他特殊功能区，促进产业和人口集聚发展，提高居民生活品质，保护国土空间风貌和历史文化景观，提升城市能级与核心竞争力，强化国际贸易中心枢纽功能、国际高端服务能力和国际科技创新中心策源能力、全球网络枢纽建设，着力提高经济密度，提高投入产出效率，持续推动经济规模和效率提升。

2）农产品主产区。其国土空间用途管制的重点是强化永久基本农田特殊保护和管制，推进高标准农田建设，禁止破坏基本农田的任何行为。围绕农业现代化目标，针对农业生产方式转变背景下的农产品主产区空间利用转型特征，优化大宗农产品、经济作物和特色农业的空间布局，加强优质农业空间质量建设，实施城乡建设用地总量零增长。在不破坏耕地质量的前提下发展多功能农业，形成集约高效的现代农产品主产区发展格局。

3）重点生态功能区。其国土空间用途管制的重点是围绕国土空间生态系统的整体保护和系统修复，针对不同区域生态服务功能退化、湖泊湿地等生态功能萎缩，地下水超采、洪涝、自然灾害、环境污染等问题，实行强制性生态保护，控制人为因素对自然生态系统的干扰，切实保护生态红线，建立以国家公园为主体的自然保护地体系，实行城乡建设用地减量化，严禁不符合生态功能定位的开发利用活动，确保生态空间规模不减少、生态服务功能有提升。

4）海洋保护区。其国土空间用途管制的重点是限制核电、海上风电、海洋新兴产业、港口运输业、旅游业等开发和用地、用海、用岛等需求，港口、码头、围填海等应当逐步退出海洋保护区。